小肠蛋白乳癌是全球十大常见的乳癌症之一，其中都75%为小肠薄膜蛋白乳癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并囊括了小肠蛋白乳癌死亡的绝大部分。为了阐述ccRCC发生的水分子前提，TCGA对基因序列一组、各部位基因一组、细胞内一组透过归纳，断定出有有数多种抑乳癌基因序列纠正在内的ccRCC水分子外观上。研究说明了VHL基因序列异常是一个普遍性开端惨案，随后PBRM1、SETD2、KDM5C、BAP1等性状参与的基因序列一组人体内致使疾病的发展，并与侵入性特异性涉及。这些研究表明除了一秘密组织学评估外，可以利用水分子外观上对ccRCC高血压透过分级研究，同时断定出有ccRCC发生的特有基因序列一组外观上。过去认为，ccRCC对传统意义的化疗和放疗具有抵抗功用，手术后切除是区域内的主要病患伎俩。近年，基因序列一组归纳断定出有一些蛋白路中都小分子，而且FDA批准了涉及药物，但ccRCC高血压对这些药物的反应会十分受限制。这提示转换成更进一步十分复杂，基因序列一组、各部位基因一组、细胞内一组的单独归纳确实没法下半年地断定出有乳癌症的类型以断定有效的病患方法，我们需要开发新区域性归纳策略。2019年10月末31日，来自约翰霍普金斯该大学的Hui Zhang和Daniel W. Chan、密歇根该大学的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎医学院的Pei Wang和针灸肽质一组归纳基金会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）合作在Cell新闻周刊上发表文章Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对未病患的ccRCC和选取的乳癌旁较长时数间一秘密组织结果说明了透过基因序列一组、各部位基因一组、细胞内一组、肽质一组、细胞内肽质一组学的区域性归纳，说明了基因序列一组归纳断定出有一个与基因序列一组渐进涉及的契合水分子亚群；肽质-基因序列一组学区域性归纳断定出有由基因序列一组改变所致使的肽质疾患，其中都有数参与氧化细胞内糖类、肽质译成更进一步和细胞内频率管控等的肽；对中都抗病毒蛋白浸润持续性透过归纳，描绘了四种以多种不同蛋白路中都为外观上的抗病毒性ccRCC非典型。研究共整理110个未病患的RCC结果说明了及84个相选取的乳癌旁较长时数间一秘密组织（NAT）结果说明了，对同一个结果说明了透过基因序列一组、细胞内一组和肽一组学归纳。肽一组和细胞内肽一组学归纳分别断定出有11355种肽和42899种磷酸肽，其中都7150种肽和20976种磷酸肽在所有样品都得到验证。为了适当多重统计数据的信息化归纳，对110个结果说明了透过全基因序列一组PCR、全外显子PCR和总RNAPCR，其中都107个透过DNA甲基化归纳，同时75个NAT结果说明了透过总RNAPCR。经过一秘密组织学评估和水分子外观上归纳后，103则有ccRCC和80则有NAT结果说明了的统计数据用于早先归纳。ccRCC的基因序列一组学归纳说明了生殖细胞水平的人体内有：生殖细胞3p的臂水平纠正（93%），生殖细胞5q的提高（54%）、生殖细胞14q的纠正（42%）、生殖细胞7的提高（34%）、生殖细胞9的纠正（21%）。其中都，14个ccRCC结果说明了中都说明了出有广泛应用的拷贝数人体内（CNVs），表示基因序列一组的高度渐进。而且三高级别更好的说明了出有高度的基因序列一组渐进，这与基因序列一组非整倍体和结节病不良有关的报导相一致。61%的ccRCC说明了出有一种或多种反转惨案，主要发生在生殖细胞3q核糖体和5号生殖细胞（20%）、2号（11%）和8号（7%）等。新型生殖细胞芳基t（3：2），即3p纠正和2q提高，与t（3：5）芳基相互排斥；生殖细胞倒置同时致使3q的提高和3p纠正。总之，102则有ccRCC结果说明了中都都说明了出有3p核糖体的疾患。体蛋白性状的归纳结果说明了，85%的ccRCC中都依赖于VHL的疾患，是最常见的性状；PBRM1、BAP1、KDM5C、SETD2的性状人口比则有共有43%、17%、18%、16%，而且基因序列性状和DNA甲基化归纳说明了基因序列一组的失活致使mRNA和肽的提高。对特异性CpG岛屿的甲基化透过归纳，根据之前报导的CpG岛屿甲基化特异性标志物（CIMP）透过分类，36则有CIMP+说明了出有三高级别更好、阶段更最迟、基因序列一组渐进更好等外观上。基因序列一组人体内都能通过顺式功用影响同核糖体的mRNA和肽质同位素，通过苯基功用影响其他核糖体。对mRNA、肽质和磷酸肽的信息化归纳，断定出有对细胞内水平、译成水平和译成后水平都有影响的基因序列一组人体内，并断定出有与三高级别涉及、乳癌与非乳癌一秘密组织数间歧异暗示的基因序列小分子。则有如，与PI3K-mTOR频率涉及的SQSTM1、OSBPL3、GOLPH3出有现拷贝数人体内（苯基功用）；多能细胞内qYY1（苯基功用）发生性状。对这些基因序列一组人体内透过路中都归纳，说明了生殖细胞3p的纠正致使低氧频率、基因暗示管控和脱羧的调升，氧化细胞内、氨基酸糖类和TCA周而复始的下调有关；5q的提高致使mTORC1和MYC频率的调升，7p的提高致使肽译成和上皮数间充质转移频率的调升；9p纠正致使抑制作用qCDKN2A纠正，与译成开端、m TOR、MYC频率调升有关；14q纠正致使WNT频率暗示下调，MYC频率、N-酪氨酸去除、IFN- γ频率调升。其中都75%的CIMP+依赖于14q纠正，而且CIMP+说明了出有MYC频率、肽译成调升的顺式功用，并与氧化细胞内（OXPHOS）调升和区域内粘连提高有涉及性。归纳ccRCC乳癌一秘密组织和非乳癌一秘密组织的肽暗示歧异，找到ccRCC中都565个肽下调，255个肽调升，其中都抗病毒反应会、EMT、低氧、脱羧和mTOR频率在中都调升，TCA周而复始、氨基酸糖类和OXPHOS路中都下调。脱羧途径的肽和m RNA 的调升具有耦合性；而OXPHOS只有肽被下调，其mRNA不能人体内，表明OXPHOS的管控发生在译成水平。通过磷酸肽的同位素归纳，断定出有CDK1、MAPK1（ERK2）是大多数中都2个前三名三高的磷酸-残基惨案。与S期进到/的发展（CDK7-MCM2）和G2/M检查点（WEE1-CDK1）涉及的细胞内残基在大多数中都下降时；几乎所有的都调升EGFR（MAPK的上游抗原）的肽和磷酸肽暗示，而对VEGF抗原如FLT和KDR则丝氨酸暗示。交叉归纳所有结果说明了中都磷酸肽同位素歧异，断定出有几种磷酸肽共暗示网络，有数基因暗示和静脉转换成两个不意味着整体而言肽质一组和细胞内一组人体内的基本功能。基于抗病毒分一组的一般外观上，并紧密结合细胞内一组学、肽质一组学的外观上，都能对ccRCC透过分型：1）CD8+炎性；2）CD8-炎性；3）VEGF抗病毒缺乏；4）糖类性抗病毒缺乏。则有如，CD8+炎性呈现出有CD8+ T蛋白浸润持续性高，抗病毒免于标记物PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4等基因序列暗示调升，14号生殖细胞纠正频率很高等外观上；CD8-炎性呈现出有天然抗病毒反应会的外观上，DC和巨噬蛋白都有，补体和凝血级联肽暗示提高等外观上。分级是ccRCC的重要结节病指标，通常和阶段、大小有关。高三高级别中都，参与译成、mTOR频率、EMT等路中都的基因序列在mRNA和肽水平之外调升，其他蛋白路中都则在细胞内一组和肽一组出有现非协同性调升，如基因暗示管控和DNA复建的mRNA提高，而OXPHOS和N-酪氨酸去除的肽提高。低三高级别的展示出有出有抗原激酶、RAS、MAPK、Notch、RAP1频率路中都等在mRNA和肽的提高，同时调升细胞内涉及更进一步的肽暗示。根据的肽一组歧异将ccRCC分为3一组：ccRCC2高暗示天然抗病毒和血小板福颗粒涉及的肽，ccRCC3调升脱羧、mTOR频率、低氧涉及的肽，ccRCC2和ccRCC3和较低的三高级别涉及，仅ccRCC2与最初涉及；ccRCC1调升适应性抗病毒、N-酪氨酸去除、OXPHOS和氨基酸糖类涉及肽，与高三高级别和最迟期有关。总的来说，研究报导了利用基因序列一组、各部位基因一组、细胞内一组、肽质一组、细胞内肽质一组学等多种技术伎俩对ccRCC透过大规模肽-基因序列一组学归纳，解释了基因序列一组改变对动态的影响，为从水分子病理学角度合理选择病患方案透过了依据。原始出有处：Did J. Clark, Sarana M. Dhanasekaran, Francesca Petralia, et al.Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.Cell, Vol. 179, Issue 4, p964?83.e31Published in issue: October 31, 2019
