Lancet Oncol:肾透明细胞癌与肥胖悖论具体的转录组特征分析

2022-01-31 00:10:34 来源:
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一.研究者故事情节

糖尿病与胃表面线粒质腺癌 (ccRCC)的危险性减低有关,但糖尿病又对立地与该的预后有所改善有关,其潜在机制尚不明确。现译者对糖尿病病征和经常性身型病征在原发和瘤周碳水化合物三组织先前的毛细血管作用于和免疫转录三组不同开展研究者分析方法。

本文简述了基因三组表达引起的微环境的不同有助于解释糖尿病病征的生存占优势(糖尿病直觉)。

二.分析方法程序三.社论请教1.COMPARZ函数调用、TCGA-KIRC函数调用、MSK免疫病患函数调用图表收集、纠正

在COMPARZ函数调用的453名病征先前,有375名(83%)病征不具最简单的微阵列图表,病患前BMI探测以及无成效和总质生存图表开展分析方法(表1)。除119名(26%)太重病征外,来自COMPARZ试验性的最终函数调用仅限于256名(68%)病征(n=256)。

表1.COMPARZ医学试验性函数调用的城镇人口统计学和医学特性

TCGA-KIRC函数调用先前的332由此可知病征先前,评估了经胃外科手忍术病患的152由此可知(46%)晚期(即AJCC III和IV期)ccRCC病征的医学和城镇人口统计学图表(表2)。在剔除59名(39%)太重病征后,最后得到的函数调用仅限于93名病征(n=93)。

表2.晚期表面线粒质胃线粒质腺癌TCGA-KIRC函数调用的城镇统计学和医学特性

从62由此可知MSK邻近碳水化合物三组织函数调用先前开展胃脏外科手忍术的非结核表面线粒质RCC病征先前得到了临床表现和邻近碳水化合物混合物。在这个函数调用先前,从59名病征的PNN(胃周邻近)邻近碳水化合物,25名病征的PNA(远离胃周)邻近碳水化合物以及55名病征的三组织先前样本。在剔除太重病征之后,最终函数调用仅限于41名(69%)PNN样本病征, PNA样本为17(68%),样本为37(67%)。从在此之后的203名三组织者的MSK免疫病患研究者人群先前剔除74名(36%)太重病征后,总生存分析方法的最终函数调用仅限于129名(64%)三组织者(表3)(n=129)。

表3. 采用MSK免疫病患的医学试验性函数调用的城镇人口统计学和医学特性

2.糖尿病的胃表面线粒质腺癌病征值得注意经常性身型的胃表面线粒质腺癌病征总生存期较长

根据KM生存分析方法,在三三组先前都发掘单单糖尿病病征的总生存期较长。在TCGA-KIRC函数调用先前,经再行解析后,糖尿病病征的总质存活期见长经常性身型三组;在COMPARZ函数调用先前,经IMDC危险性分数解析后,胖病征的总质存活期也见长经常性身型三组。在MSK免疫疗法函数调用先前,经IMDC危险性分数解析后,BMI与发病率的无突出不同(如左图1)。

左图1.TCGA-KIRC函数调用 (A)、COMPARZ 函数调用(B)和MSK免疫病患函数调用(C)的总生存期

3.COMPARZ函数调用先前糖尿病病征不具较好的PFS

对CPMPARZ函数调用KM分析方法后,KM曲线表明,COMPARZ函数调用先前糖尿病病征比经常性身型病征不具较好的PFS。

左图S1.COMPARZ函数调用先前糖尿病病征比经常性身型病征不具较好的PFS

4.采用一线药品病患,糖尿病病征仍不具较好的OS

KM曲线表明了在采用一线丝氨酸磷酸化类固醇(pazopanib或Sunitinib)的两个病患三组先前,糖尿病病征的OS仍然较经常性身型病征好。

左图S2.COMPARZ函数调用采用一线药品病患三组的总生存期分析方法

5.COMPARZ函数调用先前,糖尿病与经常性身型的病征转录三组基因三组特性假定突出不同

再多上述分析方法,译者在三个函数调用先前确认糖尿病直觉假定之后,接下来在COMPARZ函数调用先前对糖尿病和经常性身型病征评估了转录三组学不同。先是做了Hallmark基因三组集的GSEA分析方法,比较糖尿病病征与经常性身型病征彼此之间的不同:糖尿病病征先前表明缺氧、TGF-β、上皮-间充质转变和毛细血管作用于信号通道突出上调,提示伤口愈合都能的激活(左图A)。左图B是对左图A筛选的几个基因三组表达通道的Enrichment plots。

左图S4.COMPARZ函数调用先前糖尿病病征与经常性身型病征的ccRCC转录三组基因三组特性假定突出不同

6.COMPARZ函数调用与TCGA-KIRC函数调用 先前糖尿病比经常性身型病征的毛细血管作用于分数低

在GESA衍生的特性基因三组集毛细血管作用于分数比较先前,糖尿病病征很低经常性身型病征(如左图2)。

左图2.COMPARZ函数调用(A)与TCGA-KIRC函数调用 (B)先前糖尿病原发病征与经常性身型病征的毛细血管作用于的z score

7.经常性身型与糖尿病病征的免疫线粒质群无突出不同

对经常性身型(7由此可知)与糖尿病(16由此可知)病征的原发的主要免疫线粒质数量均采用流式线粒质忍术开展评估。左图A表明了糖尿病病征与经常性病征彼此之间的免疫线粒质群的总质不同。左图B明确表明了糖尿病和经常性身型病征T线粒质群的浸润准确度。发掘单单经常性身型与糖尿病病征的免疫线粒质群无除此以外不同,免疫线粒质浸润的高度与BMI无关。

左图S9.用流式线粒质忍术分析方法经常性身型与糖尿病病征的免疫线粒质群无除此以外不同

8.与经常性身型病征相较,糖尿病病征瘤周碳水化合物三组织炎关节炎减低,尤为是邻近的瘤周碳水化合物

在MSK的非结核ccRCC病征的前瞻性函数调用先前,译者合并了20个最突出的丰富的IPA标准规范通道,这些通道来自于糖尿病和经常性身型病征的PNN和PNA样本的比较(左图A)。糖尿病和经常性身型病征的PNN和PNA样本彼此之间的免疫浸润(ssGSEA分数)比较(左图B)。

左图S5.与经常性身型的病征相较,糖尿病病征的胃周碳水化合物表明单单炎关节炎和缺氧减低

综上,在COMPARZ试验性函数调用先前,经过IMDC危险性分数调整后,发掘单单值得注意经常性身型病征,丝氨酸磷酸化类固醇病患更低了糖尿病病征的生存能力,除此以外是接受sunitinib病患的病征。IMDC危险性分数模型构成的三溶质间接质现寄生虫因素对腺癌关节炎系统性炎关节炎作用(由此可知如病变,先前性粒线粒质激增,和红细胞激增关节炎),这些因素确实也是免疫病患结果和BMI彼此之间关联机制的原因。发掘单单糖尿病病征的毛细血管作用于分数很低经常性身型病征,与先前其他的研究者结果表明的,参与毛细血管作用于,β-氧化都能等等基因三组的可溶性的成因一致。因此,毛细血管作用于的不同可以其余部分解释糖尿病病征接受丝氨酸磷酸化类固醇病患后的较好预后。

此研究者为糖尿病直觉获取了生物学默许。在患有ccRCC的病征注意到到糖尿病病征值得注意经常性身型的病征微环境的不同:除此以外是糖尿病病征的的毛细血管作用于减低,但总质炎关节炎无除此以外不同。除此以外的是糖尿病病征的邻近碳水化合物表明减低的炎关节炎和缺氧境况。表面线粒质腺癌与瘤周碳水化合物三组织微环境的复杂粒子确实不具医学意义,有一点进一步研究者。

零碎单单处:

Sanchez A, Furberg H, Kuo F, Vuong L, Ged Y, Patil S, Ostrovnaya I, Petruzella S, Reising A, Patel P, Mano R, Coleman J, Russo P, Liu CH, Dannenberg AJ, Chan TA, Motzer R, Voss MH, Hakimi AA. Transcriptomic signatures related to the obesity paradox in patients with clear cell renal cell carcinoma: a cohort study.Lancet Oncol. 2020 Feb;21(2):283-293

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